早在发动陆路攻击之前，军师汪公老佛就建议方腊说：水路何必在此死攻一座小小的水寨？下游江面辽阔，这座水寨的弩弓再强，也不能完全封锁江面。倘若不能攻下，远远绕开水寨就是！于是，攻击水寨失利的方腊竹筏大军数万人，按照汪公老佛事先谋划，掉头划向下游。
朱汉旌真正的压力来了。
本来朱汉旌就没有能够指望水寨能够封锁江面。富春江过了花坪山，江面猛然增阔到四五百米宽，不要说弩弓，就是后世的轻机枪都很难封锁得了（注）。朱汉旌从历史资料里面知道，方腊造反，裹挟上百万人。而目前方腊已经攻占清溪县、睦州等地，裹挟人口至少应该有一二十万。从他深入睦州侦察来看，这睦州城内少说也有十多万人。以朱汉旌手头近百条船，数百人的水军兵力，怎么可能拦得下顺流而下数万人到十数万人？
再说，他心里面还有一个自私的小算盘……得放着方腊去打杭州！
按照朱汉旌原本的打算，他以桐庐为前进基地，稳扎稳打，反攻收复睦州，擒住方腊，结束这场东南大乱，桐庐县、富阳县、杭州城都保住了！立此不世之功，也该封侯拜将了！现在看起来，方腊之乱未平定，两浙路官员就要卸磨杀驴，更糟糕的是没有给他一个平安下台的机会。
按理说，杭州府查找他遗失的信物，查找了那么久，想要承认他番邦王子的身份，早就承认了！特别是要夺军的时候，就应该给他一个承认。连他的王子身份都不承认，两浙路还能给他一个好结果？他朱汉旌是一个穿越客，一个骗子，身上没有任何信物可以证明他是王子！相反，这个假身份倘若不能兑现，他冒充番邦王子，最轻处罚也应该是斩首示众！
何苦来着！自己穿越过来，为了这些历史上必然要死的人去冒险卖命，去吃苦受罪，却得到一个身首异处的结果！朱汉旌再怎么爱国，此时也不会为了他们去死。再说，自己死了，两浙路百姓还更惨！只有留着自己有用之躯，才能救出更多黎明百姓！
朱汉旌的决定是沿江拦截，故意，也只能故意放开数万乱军去攻打杭州。只要他不当面硬拦，相信乱军也不会和他拼命。他带着近百条船，只要能够射杀关键的乱军将领，乱军即使攻下杭州，也是反手可灭！
大计一定，他就果断命令象山守军卡死陆路，安排水寨拦射方腊竹筏大军。自己率领水军都留在桐庐县做第二次拦截。
桐庐县县城就在富春江南岸，这里江面辽阔，最宽处有六百多米，木船远远比竹筏灵活，可以纵横江上，这里将是最好的水战地点！
在富春江东岸的桐庐县西门码头，朱汉旌把众船夫、弩弓手召集起来动员。他扯开嗓子，大声吼道：“尔等听着：本王子是番邦来归的，尚且为了父老乡亲，死战不退！尔等都是本乡本土汉子，谁要退，先站出来！可以走，去岸上做后勤。开战以后，谁要临阵脱逃，就无颜见人了！”
朱汉旌环顾众人，众人皆瞩目于他，目光坚定且热情，无一人后退！更有骁勇后生，举起手中林林种种武器，甚至船桨，高呼道：“王子不退，俺们不退！”
朱汉旌伸出双手，压了压民众呼声，坚定地扬声说道：“好！俺们都是大宋好儿郎！军中文书上前登记姓名！放心，立功有赏，受伤有救治，牺牲有抚恤！家属有照顾！临阵之时，但听号令，服指挥，勇往直前！”
文书登记姓名的同时，朱汉旌吩咐人去准备木盾。水上作战，士卒不能披甲，可弓箭互射难免伤亡，怎么办？朱汉旌提出用木盾，小鱼儿等人也是赞同，当下就去桐庐县发动留守差役、民壮做木盾。
朱汉旌又提出要有救生衣。方法是用绳子把竹筒捆成一排，贴着胸和背围捆在身上，绕一圈，落水以后可以在水面上浮着。可惜当地竹筒都很长，试制了一批，穿上以后不够灵活，也就用不上。就丢在船上当救生圈备用了。
在准备器材的同时，朱汉旌把水上作战的队列、目标对众人讲解了一番。
水上作战，弩弓优先。船队形成斜列队，可以尽量发挥弩弓威力。每两艘船一个小队，同进退，相照应。大船可以撞击木筏，小船掩护大船。敌人势大，不能硬拦。作战目标是遮护桐庐北门码头，不让敌军在此登陆，又要集中弩弓攒射敌人主要将领。方腊乱军以头巾颜色作为等级标志，等级十分明显：普通士兵头裹红布，小头目裹紫布，大头目裹青布，将官一级的裹黑布，君王一级才能裹黄布。“射青布头巾，射黑布头巾，射黄布头巾！挑官大的射！”
众人哄然大笑，回应道：“挑官大的射！”
还没有完全准备妥当，哨探的小船一路敲着锣鼓飞也似地游回来告警了：上游来敌了！
众水手、弩弓手纷纷登船，解缆，将船在北门码头附近摆出一列斜纵队。弩弓手上弦，水手摇桨摇撸，升起船帆。船队逆水行舟，缓缓而上，保持着队形。
朱汉旌在一艘大船上，居中指挥。他在船桅杆上还升起了自己“朱”字认旗，船帆上也用白灰涂抹上大大的“朱”字。他朱汉旌必须显示自己的存在，否则草草组建的新军军心就会散。看到他座船升起认旗，张满“朱”字大帆，百条大小兵船上上千人都发出由衷的欢呼。在主将座船的指挥下，这百来条兵船排出一列斜纵队，占据了三分之一江面。陆战讲究围三厥一，水战也不能全堵塞去路，留着向下游的三分之二江面，引导乱军向下游逃走。
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